Né à Sarrebruck, Dirk Boerner a étudié le piano au conservatoire de Strasbourg avant de se tourner vers la musique ancienne. Il a alors étudié le clavecin avec Andreas Staier et Jesper Christensen à la Schola Cantorum de Bâle où il clôt ses études par un diplôme de perfectionnement en 1996. Après avoir été finaliste de concours internationaux  (Pragues et Varsovie), il se produit comme soliste et continuiste dans de prestigieux festivals au sein des ensembles suivants : Stylus Phantasticus (Friederike Heumann et Pablo Valetti ), les Flamboyants (Michael Form), The Rare Fruits Council (Manfredo Kraemer) et le Café Zimmermann.  On l’entend régulièrement sur les ondes des radios française, allemande et suisse.
Sa discographie comprend notamment les sonates de Buxtehude avec Manfredo Kraemer et Juan Manuel Quintana ( HARMONIA MUNDI), les sonates de Mattheson avec Pablo Valetti, Diana Baroni et Petr Skalka (ALPHA), ou les sonates de Carl Philipp  Emmanuel  Bach pour viole de gambe  avec Friederike Heumann (ALPHA).
Grâce au soutien de la Haute école de Musique de Bern, il mène actuellement une recherche sur les pièces en trio de Marin Marais.
Il a enregistré pour les labels Alpha , Harmonia Mundi, Carpe Diem, Astrée-Naïve, K 617 et Raumklang, sur le clavecin comme sur le pianoforte.
Dirk Boerner est professeur de clavecin à la Haute Ecole de Musique de Bern et professeur associé de basse continue au Conservatoire National Supérieur de Musique de Lyon.